La chiesa di Sant’Anna situata nella città di Pietrelcina, venne edificata nel XIII secolo, ma deve il suo attuale aspetto ai lavori di riedificazione eseguiti subito dopo il terremoto del 1688.
Nel 1981 venne nuovamente sottoposta a lavori di restauro commissionati da Mario Manganelli all'Architeto Mizzao.
La chiesa è divisa internamente in due navate, di cui quella minore accoglie quattro nicchie contenenti altrettante statue quali l'Assunta, l'Incoronata, Santa Rosa e Sant'Anna, e l’altare dove sono conservate le reliquie di San Pio martire.
Da ammirare la tela seicentesca raffigurante la Traslazione della Santa Casa di Loreto, custodita alle spalle dell’altare maggiore, nonché il fonte battesimale in pietra settecentesco, dove nel 1887 Padre Pio fu battezzato con il nome di Francesco.
La chiesa di Sant’Anna assistette a tutte le celebrazioni sacramentarie di Padre Pio, dal battesimo alla Cresima avvenuta nel 1899.