La basilica di Sant'Apollinare Nuovo fu realizzata nel 505 d.C. su commissione di Teodorico per il culto ariano, anche se nel VI secolo fu consacrata al culto cattolico.
Nel 540 i bizantini conquistarono la città e allo stesso tempo iniziarono un programma di restaurazione dell'ortodossia cattolica che coinvolse anche la stessa chiesa di Sant'Apollinare Nuovo.
Il ciclo di mosaici dai temi legati alla religione ariana che decoravano gli archi che dividono le navate furono cancellati e sostituiti da altri.
La basilica è divisa in tre navate e preceduta dal nartece coperto da un tetto spiovente.
La facciata a capanna è stata realizzata in laterizio, e presenta nella parte superiore una bifora in marmo, sormontata da altre due piccolissime aperture.
Nella parte anteriore sinistra si erge il campanile in mattoni e dalla pianta circolare, anch'esso in mattoni. La navata centrale termina con un'abside semicircolare, ed è delimitata da dodici coppie di colonne che sorreggono archi a tutto sesto; le sue pareti sono divise in tre fasce dalle seguenti decorazioni musive:
la fascia più alta ospita dei riquadri entro cui sono raffigurate le scene della vita di Cristo; la
fascia mediana è caratterizzata da riquadri tra le finestre al cui interno sono riprodotte le figure di Santi e Profeti, infine, la fascia inferiore presenta nella parete di destra la raffigurazione del palazzo di Teodorico, le cui colonne che sorreggono gli archi terminano con capitelli in stile corinzio.
La parete frontale è decorata dalla rappresentazione del Porto di Classe sede della flotta imperiale romana.