La chiesa di Santa Maria delle Grazie insieme al Cenacolo di Leonardo da Vinci rinetra nella lista dei monumenti considerati patrimonio dell'Umanità dall'Unesco. Nel 1463, proprio nel luogo dove sorge la chiesa, il duca di Milano Francesco I Sforza fece erigere un convento domenicano dall'architetto Guiniforte Solari. Salito al potere Ludovico il Moro, furono aggiunti il chiostro grande e l'abside della chiesa, nonchè per suo volere fu realizzato un luogo di sepoltura riservato agli Sforza.
Al tiburio, attribuito se pur con qualche perplessità a Bramante, nel 1497 furono aggiunte sessantaquattro colonnine di pietra chiara di Saltrio.
Nella zona più antica della chiesa in stile gotico, e più precisamente in una cappella di destra, sono conservati gli affreschi con Storie della Passione di Gaudenzio Ferrari.
Durante la Seconda Guerra Mondiale la chiesa e il convento furono rasi al suolo. La chiesa a tre navate con sette campate sorrette da colonne di granito e dalle pareti delle cappelle è conosciuta in tutto il mondo per la famossima "Ultima cena" del Leonardo da Vinci collocata su una parete del refettorio.
Il dipinto, eseguito per il Duca di Milano Lodovico Sforza, rappresenta la scena dell'Ultima Cena di Gesù Cristo, come descritta dal Vangelo di Giovanni.
L'opera (460 x 880 cm) fu iniziata nel 1495 e terminata nel 1498.
L'opera è caratterizzata da una pittura stesa su uno strato di intonaco ancora fresco dove il pigmento della pittura diventa parte integrante dell'intonaco stesso.
Leonardo utilizzò una tempera grassa e un'emulsione di olii siccativi nonchè sostanze proteiche.
Il tema è quello del momento in cui Cristo proferisce la frase: "Uno di voi mi tradirà" per cui gli apostoli con ritratti con i loro gesti di stupore e di meraviglia.
Al centro della scena è raffigurato Cristo con le braccia aperte che, in un gesto di quieta rassegnazione, costituisce l'asse centrale della composizione. Gli apostoli sono rappresentati in un ambiente estremamente preciso.
Il personaggio di Giuda, nel dipinto di Leonardo, è raffigurato, diversamente dalle altre ultime cene dell'epoca, assieme agli altri apostoli.
Lo stesso dicasi per Giovanni che invece di essere adagiato nel grembo o sul petto di Gesù è separato da lui, nell'atto di ascoltare la domanda di Pietro.