Lo stabilimento termale di Margherita di Savoia esteso su una superficie di circa 15.000 mq, utilizza le proprietà curative delle acque dei bacini salanti sin dal 1930, circa otto anni dopo la concessione da parte dello Stato, delle acque madri delle Saline.
Le vasche della struttura termale accolgono al loro interno i fanghi e le acque madri contenute nei bacini per l'estrazione del sale, arricchiti dalle componenti organiche delle microalghe e dei crostacei contenuti nei bacini stessi.
Lo stabilimento consta dei seguenti reparti: fangobalneoterapia; ginecologia; riabilitazione della funzione motoria; ventilazione polmonare; cure inalatorie; reumatismi dovute alle riniti, otiti, e tracheiti; cure per la insufficienza venosa, colecisti, stipsi, piorrea alveolare, eczemi, e dermatiti.
L'acqua madre utilizzata nello stabilimento non è limpida, ha un odore di idrogeno solforato, ha una elevata radioattività naturale, è ricca di iodio, bromo e soprattutto di cloro.
La colorazione rossiccia è dovuta, invece, alla presenza di un protozoo flagellato, la Dunaliella Salina.