La chiesa matrice di San Giovanni Battista situata nella cittadina di Fasano, fu consacrata nel 1600, e costruita sul sito dove si ergeva un'antico tempietto, demolito intorno al 1330.
La facciata in tufo locale, è divisa verticalmente in tre sezioni mediante due ordini di semicolonne; la parte inferiore accoglie al centro il portale affiancato da due nicchie, mentre la parte superiore ospita un rosone, anch'esso con ai lati due nicchie. Alla sommità della facciata spicca un timpano, sormontato da una statua in pietra raffigurante San Giovanni Battista, patrono di Fasano.
Esternamente svetta anche il campanile a base quadrata, realizzato nel 1763, su progetto di Magaletti.
La chiesa è divisa internamente in tre navate con pareti decorate da affreschi, e tele ottocentesche di artisti locali; peculiare il "cappellone" sovrastante il presbiterio, sotto il quale si trovano le canne dell'organo e al centro la statua della Madonna del Pozzo.