Il santuario di Santa Maria di Siponto situato a 3 Km da Manfredonia, venne consacrato nel 1117 da Papa Pasquale II, e consta di una chiesa superiore restaurata tra il XVI e XVIII secolo, e della cripta sottostante risalente alla prima meta del XIII secolo.
L'edificio religioso ha una pianta quadrangolare con due absidi a vista poste sulle pareti sud e est, e presenta in facciata un portale dell’età medievale sovrastato dallo stemma arcivesovile del Vescovo di Manfredonia Ginnasio,e affiancato da due leoni accovacciati, dal cui dorso sorgono le due colonne, che reggono le mensole per l'archivolto.
Il prospetto è impreziosito da una serie di archi ciechi, al centro dei quali si aprono dei rombi ornamentali.
La chiesa presenta internamente un impianto quadrato con quattro piloni centrali, ed è illuminata dalla luce filtrante dalla lanterna della cupoletta.
Lungo tre lati si ripetono gli archi parietali corrispondenti alle arcate esteriori, ad eccezione del lato orientale liscio, frutto dei lavori di rifacimento eseguiti nel 1675.
Da ammirare una tela istoriata raffigurante i quattro Santi Sipontini (Giustino vescovo, Felice, Florenzio e Giusto), opera di Giuseppe Castellano.
Al di sotto della chiesa superiore si estende la cripta il cui spazio è occupato da venti colonne marmoree, disposte in quattro ordini, con capitelli che sostengono gli archi a tutto sesto delle venticinque volte a crociera.
Al suo interno si conservano un sarcofago vuoto risalente al XVIII secolo, e un'ara pagana, molto probabilmente proveniente da un tempio consacrato a Diana.