La costruzione della chiesa di San Giovanni Rotondo dedicata a Padre Pio, è stata voluta dall’Ordine dei Frati Minori Cappuccini della provincia di Foggia, e progettata dall'architetto italiano Renzo Piano.
Inaugurato nel 2004, l’edificio religioso presenta un impianto simile ad una spirale archimedea, il cui fulcro coincide con il centro dell'aula liturgica, dove è collocato l'altare, ed accoglie un grande sagrato triangolare, pavimentato con pietra di Apricena, delimitato a sud da un campanile orizzontale, dalla croce in pietra e da otto aquilotti anch'essi in pietra, ad ovest è chiuso dalla vetrata della chiesa, a nord accoglie un boschetto di ventiquattro ulivi secolari che rappresentano il numero degli apostoli e dei profeti maggiori, affiancato da altrettante vasche trapezoidali, mentre ad est è aperto verso il santuario della Madonna delle Grazie.
Oltrepassato il sagrato, si resta immediatamente ammaliati dalla copertura della chiesa, realizzata mediante l’utilizzo di rame preossidato, che risulta più basso in direzione della sagrestia, e più alto mano a mano si raggiunge il punto più elevato della vetrata che collega la chiesa con il sagrato.
La chiesa di Padre Pio è divisa in tre ambienti, vale a dire la sala liturgica, la cappella dell'eucaristia e la sagrestia.
Lo spazio interno accoglie ventidue archi in pietra di Apricena, disposti lungo due file e secondo un andamento radiale, di cui quello più ampio mette in comunicazione la chiesa con il sagrato.
L'aula liturgica divisa in tre navate, accoglie l'altare maggiore leggermente rialzato da gradini, e risulta in perenne penombra per favorire la concentrazione dei fedeli, mentre lame di luce illuminano dall’alto l'altare e la croce in bronzo sopra di essa, opere di Arnaldo Pomodoro.
Segue la cappella dell'eucaristia dove è collocato il tabernacolo scolpito da Floriano Bodini.
L’ultimo ambiente della chiesa superiore è la sagrestia situata nel punto in cui la copertura è più bassa.
La chiesa inferiore corrispondente per dimensioni all'area presbiteriale sovrastante, ospita: la cripta che accoglierà la salma di Padre Pio; tre sale conferenze; una serie di sale di accoglienza dei pellegrini; e la penitenzeria dotata di trentuno confessionali.
Tra le decorazioni che impreziosiscono la chiesa ricordiamo la vetrata che separa l'aula liturgica dal sagrato, sulla quale Robert Rauschenberg ha raffigurato una scena dell'apocalisse, utilizzando un tessuto Trevira.
Peculiari anche il campanile composto da otto campane, e la croce esterna, progettata dallo stesso Renzo Piano, alta più di 40 metri.
Da ammirare: l'ambone e le sculture interne eseguite da Giuliano Vangi; il portone di ingresso in bronzo, sul quale sono incise le immagini del buon pastore e Abramo, opera di Mimmo Paladino;. gli otto aquilotti in pietra, rappresentanti la rigenerazione operata dalla divinità, realizzati da Mario Rossello; e l'organo a canne progettato dal M° Claudio Brizi e costruito dalla ditta Pinchi di Foligno.