La nuova chiesa di San Giovanni Rotondo dedicata a Santa Maria delle Grazie è situata accanto all'antica omonima chiesetta, con la quale formano un corpo strutturale unico.
Edificata tra il 1956 e il 1959 su progetto dell'architetto Giuseppe Gentile, la chiesa è divisa in tre navate separate da colonne, di cui quella centrale è dominata da un mosaico originariamente raffigurante la Madonna delle Grazie, alla quale è stata di recente affiancata l’immagine del Santo Pio e la figura di un angelo sulle nuvole.
L’edificio religioso ricco di marmi pregiati, ha accolto dal 26 settembre 1968 e per ben quarant'anni le spoglie del Santo Pio da Pietrelcina venerato in tutto il mondo, e da tutto il mondo visitato nella sua umile cripta.
Nel mese di Aprile dell'anno 2008 è avvenuto un fatto di grande importanza per la Chiesa Cattolica, ossia l'esumazione del corpo del Santo Frate di San Giovanni Rotondo, e la sua esposizione nella stessa cripta che lo ha accolto per tantissimi anni, per essere venerato dai fedeli.
La salma è ora ospitata nella cripta della nuova chiesa di San Pio da Pietrelcina, inaugurata da Benedetto XVI nel corso della sua recente visita, è completamente realizzata in oro massiccio, accumulato dai monaci in questi ultimi venti anni grazie alle donazioni fatte dai fedeli.
L'opera è stata realizzata dal padre gesuita sloveno Marko Ivan Rupnik, uno dei più grandi esperti di arte sacra.