La prima pietra per la costruzione della Basilica di San Francesco, dichiarata dall’Unesco patrimonio dell'umanità, fu posta due anni dopo la morte del Santo, ossia nel 1228, ad opera di papa Gregorio IX.
La tradizione vuole che sia stato proprio San Francesco ad indicare il luogo dove erigere l’edificio religioso, vale a dire il colle dove venivano sepolti i condannati dalla giustizia.
La costruzione della basilica terminò nel 1253 sotto Innocenzo IV, e da allora è meta di pellegrinaggi, rivolti alla visita del corpo del Santo sepolto in una cripta.
Il progetto iniziale prevedeva la realizzazione di una struttura semplice con due chiese sovrapposte ad una sola navata con transetto sporgente e abside; naturalmente quello che noi tutti oggi possiamo ammirare, tutto è eccetto che un edificio semplice, conseguenza delle continue modifiche ispirate all'architettura romanica lombarda e alle suggestioni gotiche.
Stesso concetto vale per la torre campanaria, adiacente al muro absidale, caratterizzata da cornici e archetti pensili che ne spezzano la corsa verso l'alto.
Sfortunatamente il giorno 26 settembre del 1997 un terribile terremoto si abbatté sulla regione, causando lesioni alla basilica superiore, il crollo della volta, ingenti danni al timpano del transetto, e la perdita di un centinaio di affreschi medievali realizzati da Giotto e Cimabue.
La facciata della basilica superiore è a "capanna" con la parte superiore decorata da un rosone centrale ai lati dei quali spiccano i simboli degli Evangelisti in rilievo, e la parte inferiore occupata dal portale strombato.
Dal Seicento, il lato sinistro della facciata accoglie la Loggia delle benedizioni, seguita dal campanile.
Internamente, la basilica è stata architettonicamente realizzata in stile gotico italiano, basti notare gli archi a sesto acuto che attraversano la navata sorretti da semipilastri a fascio, dai quali si diramano le costolature delle volte a crociera ogivali e degli archi laterali; lo slancio dei pilastri e delle volte è interrotto solo dall'orizzontalità del ballatoio che corre sotto le finestre.
La chiesa è illuminata da grandi finestre gotiche che si susseguono lungo la fascia alta della navata e dell'abside, a cui si aggiunge la luce che entra dal rosone della facciata.
Gli affreschi della navata principale riguardano le Storie dell'Antico e Nuovo Testamento, collocate nella fascia alta, mentre la zona inferiore ospita le Storia di San Francesco.
Le pareti del transetto e del coro accolgono gli affreschi di Cimabue, e raffigurano i quattro Evangelisti, le Storie della Vergine, e le Due Crocifissioni.
I differenti temi del transetto dell'abside maggiore e della navata sono collegati tra loro attraverso i Vangeli, rappresentati dai quattro Evangelisti.
A Cimabue si affiancò un artista chiamato Maestro Oltremontano, che lavorò alla testata del transetto nord raffigurando i profeti Isaia e David tra elementi architettonici realistici.
Suoi sono anche gli affreschi del presbiterio che rappresentano le Storie di Maria, e quelli realizzati sui bracci del transetto riguardanti le Storie dell'Apocalisse e degli Apostoli.
Alla decorazione della navata vennero chiamati dei pittori romani tra cui ricordiamo Jacopo Torriti e Filippo Rusuti, ai quali si devono gli affreschi che riproducono le Storie dell'Antico Testamento, le Storie della creazione e le Storie di Noè.
Alle fasce superiori della seconda campata, lavorò un artista di cui non si conosce l’identità, ma che viene identificato con il nome di Maestro della Cattura.
Ignoto è anche il pittore che affrescò la prima campata di destra con le scene di Isacco che benedice Giacobbe, Esaù respinto da Isacco, e le Storie di Giuseppe, e che viene denominato Maestro d'Isacco.
Sul lato sud della fascia superiore incontriamo le raffigurazioni riguardanti la Vita di Cristo, mentre lungo la fascia inferiore le scene dell'Ascensione e della Pentecoste.
Da ammirare all’interno di ogni vela della quarta campata, la raffigurazione di un Dottore della Chiesa seduto con uno scrivano, realizzati da Giotto.
Tutta la fascia centrale della navata è percorsa dagli affreschi che raffigurano le Storie di San Francesco, dipinte tra il 1290 e il 1295 da Giotto.
I lavori per la costruzione della basilica inferiore iniziarono nel 1228 e terminarono nel 1230, anno in cui vi fu traslato il corpo di San Francesco, deposto in un sarcofago a sua volta inserito in una cripta che corrisponde all’altare maggiore della basilica superiore.
Ai quattro angoli della cripta sono ospitati, invece, i corpi dei beati frati Angelo, Leone, Masseo e Rufino, a cui si aggiunge il corpo della beata Jacopa dei Settesoli, moglie di Graziano Frangipane.
L’interno della basilica inferiore ha la pianta a forma di Tau, simbolo francescano, e le pareti occupate da cappelle, realizzate nel XIII secolo.
L’ingresso alla chiesa inferiore è collocato lungo il braccio trasversale, che è destinato al culto eucaristico e alle celebrazioni della messa.
Il presbiterio accoglie nella parte centrale l’altare papale in stile gotico, posto in corrispondenza della tomba di Francesco, mentre all'incrocio tra navata e transetto spiccano gli affreschi che raffigurano Francesco d'Assisi in gloria e l'Allegoria dei tre voti: obbedienza, povertà, castità, dipinti da un pittore chiamato il Maestro delle Vele.
Le pareti del presbiterio, mentre, sono dipinte con le Storie dell'infanzia e della passione di Cristo, nonché con la Glorificazione del Santo, realizzate da Cimabue, Giotto, Simone Martini e Pietro Lorenzetti.
Da ammirare lungo la parete sinistra la raffigurazione della Crocifissione di Giotto e, nella destra, l'affresco della Vergine in Maestà, con Bambino, quattro angeli e san Francesco, di Cimabue.
Due rampe conducono alla cripta dove è custodito il corpo di san Francesco, situato in un sarcofago in pietra, e considerato il cuore della basilica.
Dal transetto destro della Basilica inferiore si giunge alla Cappella delle reliquie in stile romanico, dove sono riposte le reliquie di san Francesco, vale a dire il saio, il calice con la patena, e il corno del Sultano.
Da non perdere la visita al Chiostro grande, nelle cui lunette il pittore Dono Doni dipinse le Storie di san Francesco. Da qui si accede al Museo del tesoro, dove sono custoditi i dipinti e i cimeli legati alla storia della basilica.