Sulle origini della porta Santa Margherita, così chiamata in onore della Santa a cui è dedicata anche la chiesa adiacente, sono state addotte diverse tesi; secondo alcuni venne edificata nel VI secolo, mentre per altri risale al XI secolo.
Nel XV secolo la porta venne adibito a presidio militare, per cui dovette subire delle modiche architettoniche, quali l'inserimento della balaustra e delle feritoie.
Al XX secolo risalgono i lavori di rimaneggiamento della struttura, finalizzati a conferirle l’aspetto originario.